- Denne sang er blevet fortolket til at handle om problemerne i Nordirland, men Dave Mustaine har indikeret, at sangen handler om Israel (Mustaines mor er jøde, selvom han er kristen). I et interview med Rock Detector sagde Mustaine: ''Holy Wars' taler ikke om noget specifikt sted i tiden. Den taler ikke om noget land. Den siger bare: 'Se nu ikke til Israel, det kan være DIT hjemland.''
På Israel National Radio sagde Mustaine: 'Jeg har nævnt Israel i sange før, i 'Holy Wars'. Hellige krige behøver ikke nødvendigvis at starte i Israel. Det kan være hvor som helst. Der er i hvert fald så mange hellige krige i verden lige nu. Folk dør for en sag. Det er så utroligt. - Mustaine har forklaret, at anden halvdel af sangen var inspireret af tegneserien Afstrafferen , som han elsker (Megadeth-sangen ' Killing Is My Business ... and Business is Good ,' handler om Afstrafferen ). Med hensyn til første del, forklarede han, da albummet første gang blev udgivet, at det handlede om en oplevelse, der skete i Irland. Mustaine sagde: 'Jeg havde fundet ud af, at IRA ikke var så tilsyneladende imod englænderne, som jeg fik at vide. Alligevel var den måde, som blev beskrevet for mig, meget udvandet. Så jeg skød min mund af, mens jeg var der, og sagde: 'Denne er for sagen! Anarki i Irland! Giv Irland tilbage til irerne!' Jeg fangede en masse flack fra den engelske presse, og jeg fangede en masse fra den irske... og ligesom jeg giver en f--k for IRA!'
